Konrad Guenther wurde am 23. Mai 1874 in Riga geboren. Nach einem Studium der Zoologie von 1896 bis 1899 in Bonn, Leipzig und Freiburg habilitierte er 1902 in Freiburg, wo er zunächst als Privatdozent, ab 1913 schließlich als außerordentlicher Professor an der Albert-Ludwigs-Universität lehrte.
In weiterer Funktion fungierte Guenther ab 1919 als ehrenamtlicher Leiter des Freiburger Naturkundemuseums. Nachdem 1934 jedoch ein Museumsleiter mit nationalsozialistischer Gesinnung eingestellt wurde, bendete Guenther seine dortige Mitarbeit.
Guenther, dessen Hauptforschungsgebiet die Ornithologie war, engagierte sich darüber hinaus bereits in den 1920er Jahren als einer der ersten deutschen Naturschützer. Seine bekannteren Werke veröffentlichte er dabei zum Teil. Dazu zählen unter anderem Das Tierleben unserer Heimat, Der Darwinismus und die Probleme des Lebens (1904) oder Der Naturschutz (1910).
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