Johann Samuel Schröter wurde 1735 in Rastenberg als Sohn des Pfarrers Johann Zacharias Schröter (1699–1759) geboren. Ab 1752 studierte er Theologie und Naturwissenschaften in Jena. Zwischen 1758 und 1763 bekleidete er in Dornburg das Amt eines Rektors. Nach seiner Ordination war er ab 1763 Pfarrer in Thangelstedt und Rettwitz bei Blankenhain. 1774 wurde er Diakon an der Weimarer Stadtkirche. Ein Jahr später wurde er Superintendent in Buttstädt. Er starb 1808 in Buttstädt.
Er verfasste eine »Lithographische Beschreibung der Gegenden um Thangelstadt und Rettewitz in dem Weimarischen« und eine bislang unveröffentlichte »Chronik von Dornburg«, die als Handschrift in der Herzogin Anna Amalia Bibliothek in Weimar überliefert ist.
